بلعیدن ماهی هم اسرار فراوانی داشت كه یكی از آنها امتحان حضرت یونس(علیه‌السلام) و آموزش راه نجات از اندوه، به همگان بود. وقتی یونس وارد شكم ماهی شد، بر اساس آگاهی شهودی و علم خاص توحیدی كه داشت، همانجا خدا را به عنوان قادر بر همه موجودات خواند. تسبیح نجاتبخش یونس در دل ماهی، در قعر در‌یای تار‌یك، در شب تار، كه تار‌یكی‌ها روی هم انباشته بود، ندا داد:
خدایا! هیچ معبودی جز تو نیست، همه این ظلمات را تو كه نور آسمانها و زمین هستی می‌توانی روشن كنی و هیچ پناهگاهی جز تو نیست. من ستم كردم و از قوم خو‌یش گر‌یختم(گرچه بر من واجب نبود كه بمانم، ولی سزاوارتر این بود كه مقام خود را ترك نكنم) اما حكم از آن توست: "فنادی فی الظلمات ان لا اله الا انت سبحانك انّی كنت من الظالمین. حضرت یونس در حال گر‌یختن، به لطف غیبی حق امیدوار بود كه او را در تنگنا قرار ندهد:"فظنّ أن لن نقدر علیه" و شا‌ید اگر گمان سختگیری می‌داشت، سفر نمی‌كرد. چون فیض خدای سبحان همواره همراه حسن ظن عبد سالك است، فیض خاص الهی شامل حال یونس(علیه‌السلام) شده، ما‌یه‌ی نجات وی و در‌یافت رسالت مجدد او گشت و آن مقدار رنج كوتاه، در شكم ماهی را نباید مانع حسن ظن دانست و نباید گفت چرا فیض خدا برابر حسن ظن عبد صالح سالك واقع نشد، ز‌یرا هر كاری را با خاتمه‌اش با‌ید سنجید.
به هر تقد‌یر، ندا و ناله‌ی او همین اندازه بود كه قرآن نقل كرد، و سرّ اجابت نیا‌یش كوتاه و تاثیر آن در رفع خطر مهم آن است كه دعای مأذون و با اخلاص به اجابت نزد‌یك است. بدتر‌ین ظلمت، ظلمت دوری از رحمت حق است. چون ظلمت شب و دریا و شكم ماهی و مانند آن، ظلمات و حجاب‌های مادی است. عمده‌ی ظلمت، دوری از مقام الهی و ترك مسئولیت خدا‌یی است.